後期以降、神田川・妙正寺川沿いに大規模な集落が営まれる。出土する土器には、東海地方で見られる特徴を持つものがあり、交流が窺える
○白銀町西遺跡（中期）…区内最古の住居跡を確認
○下戸塚遺跡（後期前半）…区内最大の弥生遺跡。南北130ｍ、東西100ｍの濠を巡らした環濠集落を確認
○下戸塚遺跡・戸山遺跡・西早稲田三丁目遺跡・穴八幡神社遺跡・北新宿二丁目遺跡・落合遺跡などで後期後半の集落が営まれる。下戸塚遺跡・西早稲田遺跡では有力者の墓と考えられる方形周溝墓を複数確認。銅釧・鉄釧やガラス玉が出土
○高田馬場三丁目遺跡（後期後半）…竪穴住居跡から小銅鐸が出土。都内では初の事例
