- 1月4日
- 原町ホーム・北新宿・若葉・中落合各在宅介護支援センターを開設
- 1月20日
- 「24時間巡回型ホームヘルプサービス」開始
- 2月5日
- 「新都心通勤交通網整備促進同盟中央大会」開催（四谷区民ホール）
- 2月12日
- アメリカの未臨界核実験に対し区長が抗議文を送付
- 2月15日
- 「しんじゅく女性団体会議」が「環境フォーラム」開催（文化センター）
- 2月24日
- 区と新宿建設業協会が「災害時における区立施設及び住宅の応急修理等の協力に関する協定」締結
- 2月24日
- 区と新宿区災害対策電設協会が「災害時における区立施設の電気設備復旧業務の協力に関する協定」締結
- 2月24日
- 区と新宿管交会が「災害時における区立施設及び住宅の応急修理等の協力に関する協定」締結
- 2月24日
- 区と東京都電気工事工業組合新宿地区本部が「災害時における住宅の応急修理の協力に関する協定」締結
- 2月
- 「開かれた区政推進計画（改訂版）」発行
- 3月1日
- 地域振興券（千円券20枚）交付開始（使用期限8月31日まで）
- 3月4日
- 「簡易包装推進キャンペーン」実施（〜11日）
- 3月15日
- 「新宿文化センター開館20周年記念公演」開催
- 3月19日
- 区と新宿土木防災協力会が「災害時における道路障害物除去等応急対策業務に関する協定」締結
- 3月29日
- 区と長坂町（現・北杜市）が「災害時における相互援助協定」締結
- 3月31日
- （財）新宿文化振興会、（財）新宿区国際交流協会、（財）新宿区都市整備公社、（財）新宿区福祉公社の廃止
- 4月1日
- 「新宿区ダイオキシン類の発生抑制に関する条例」施行
- 4月1日
- 補助72号線の第2期区間第2工区開通
- 4月1日
- 3保健所と1保健相談所を統合し、新宿区保健所と4保健センター設置
- 4月1日
- 消費者対象の食品衛生普及啓発事業開始
- 4月1日
- 高田馬場在宅介護支援センター開所
- 4月1日
- 「（財）新宿文化・国際交流財団」設立
- 4月5日
- 「新宿文化国際ニュース」創刊
- 4月11日
- 都知事選挙、都議会議員補欠選挙
- 4月15日
- 早稲田大学大隈講堂が都の選定歴史的建造物に選定される
- 4月25日
- 区長選挙、区議会議員選挙
- 4月27日
- 区長に小野田隆氏就任
- 5月28日
- 西新宿中学校落成式
- 5月29日
- 「みどりのフェスタ’99」開催
- 6月5日
- 「新宿区環境都市宣言5周年のつどい」開催（四谷区民センター）
- 6月18日
- 区議会、「新宿区介護認定審査会の委員の定数等を定める条例」可決
- 6月22日
- 「子育て支援に向けての懇談会」開催(7月7日、8月20日、8月21日）
- 7月1日
- 「新宿あそび・まなび・情報プラザ」（愛称あそまな）開設（住吉町社会教育会館内）
- 7月8日
- きたしん公園（北新宿2-6）開園
- 8月18日
- 大久保通りの商店街で中学生の「商業活動体験サマー・ストア・in大久保」スタート（〜28日）
- 8月22日
- 林芙美子記念館入館者が10万人達成
- 9月20日
- みずも児童遊園（住吉町6）開園
- 9月30日
- 厳しい財政状況を打開するために「区政改革プラン」発表
- 10月1日
- 「介護保険要介護認定」開始
- 10月3日
- 「第30回新宿区総合文化祭」開催（〜11月17日）
- 10月4日
- アメリカの未臨界核実験に対し区長が抗議文を送付
- 10月9日
- 「ビバ・ブラス・フェスタ’99」開催（文化センター）
- 10月10日
- 「新宿スポーツフェスタ’99」開催（スポーツセンター・コズミックセンター）
- 10月23日
- 特別展「巷の目撃者〜絵はがきがとらえた明治・大正・昭和」開催（〜12月5日、歴史博物館）
- 11月1日
- 新宿区ホームページ開設
- 11月1日
- 区政に関する苦情を処理する第三者機関として、「区民の声委員会」発足
- 11月2日
- 「固定資産税・相続税の大幅軽減を求める都心6区区民大会」開催（九段会館）
- 11月5日
- 「外国人留学生と区長との懇談会」開催
- 11月11日
- アメリカの未臨界核実験に対し区長が抗議文を送付
- 11月11日
- 「簡易包装推進キャンペーン」実施（〜17日）
- 11月15日
- 「新宿区子育て支援計画」策定
- 11月24日
- 新宿駅西口「思い出横丁」で白昼火事。28店舗が焼失
- 12月20日
- 路上生活者保護臨時宿泊施設、さくら寮開設（〜3月29日、内藤町）
- 12月31日
- 2000年問題対応のため職員が待機（〜平成12年1月1日）
- この年
- 集中豪雨多発。7月21日、落合地区等で水害発生（落合で地下室浸水による溺死者1人、床上15棟、床下9棟）。7月22日、落合地区を中心に床上6棟、床下5棟の被害。8月24日、落合地区を中心に床上5棟、床下9棟等の被害。8月29日、四谷・大久保・落合地区で床上4棟、床下15棟等の被害。10月27日、大久保・落合地区で、床下1棟等の被害
この年
世界人口60億人突破
EUで単一通貨｢ユーロ」導入
「臓器移植法」に基づく初めての脳死臓器移植手術実施
茨城県東海村で国内初の臨界事故発生
流行（語）「雑草魂」「ブッチホン」「リベンジ」／音楽「First Love」「Winter, again」「だんご3兄弟」／本「五体不満足」／映画「鉄道員（ぽっぽや）」「アルマゲドン」「スター・ウォーズ エピソード1 ファントム・メナス」
EUで単一通貨｢ユーロ」導入
「臓器移植法」に基づく初めての脳死臓器移植手術実施
茨城県東海村で国内初の臨界事故発生
流行（語）「雑草魂」「ブッチホン」「リベンジ」／音楽「First Love」「Winter, again」「だんご3兄弟」／本「五体不満足」／映画「鉄道員（ぽっぽや）」「アルマゲドン」「スター・ウォーズ エピソード1 ファントム・メナス」
社会の動き